水產類冷凍冷庫屬低溫冷庫，低溫冷庫設計冷凍貯藏的溫度在-18℃以下，高溫冷藏保鮮冷庫設計溫度差不多在0℃，冷庫內的溫度一定要保持戴均勻平穩，不能出現有太大的波動，否則直接影響儲存物的品質。

-18~-23℃的水產冷庫建設通常被稱為是冷凍庫建設，而-36℃的水產冷庫建設被稱為速凍庫建設，兩者庫房溫度設定的差異就取決于入庫前水產的溫度。一般，水產捕撈后會通過碎冰法等將捕獲的水產送至水產低溫加工車間，通過快速的清洗、分揀、包裝等程序后需送入速凍冷庫快速凍結水產，使得水產自身中心溫度達到-18℃，再送至-18~-23℃的冷凍庫中長期冷凍儲藏或送入低溫冷凍車中運輸配送。

當低溫冷庫要存入水產類貨物時，冷庫內的堆放儲存物品一定要緊密，盡量的讓冷庫內處于滿庫狀態。有包裝和沒包裝的水產類貨物不能同時儲存在一個冷庫內。堆垛水產類貨物時一定要用墊木板把貨物和地面隔開，不宜冷凍貨物直接堆垛于地面。